Tiene un sistema radicular constituido por unas pocas raíces de mayor tamaño que se van formando tanto el amplitud, de profundidad. A partir de estas raíces de mayor tamaño se van dando sucesivas ramificaciones que forman todo el esqueleto de raíces del árbol. Las raíces más pequeñas tienen gran longitud, son más finas y tiernas. A su vez, disponen de pelos radiculares para captar mejor el agua y la humedad. Estas plantas se han adaptado a ambientes secos por lo que no necesita de muchas precipitaciones.
En cuanto al tronco, cuando es más joven tiende a ser liso y, conforme crecen, pasan a ser más agrietado. Este agrietamiento es característico de esta especie. Al principio, la corteza es de color verde, pero cuando el árbol es más adulto se vuelve marrón y grisáceo. Posee eco hojas de tipo lance voladas, largas y puntiagudas. Son hojas más pequeñas que las del melocotonero y de color verde a veces intenso. Los bordes son dentados.
La flor es pentámera y tiene cinco pétalos con colores variables entre blanco y rosado. Su fruto, la almendra, es una drupa, exocarpo y mesocarpo más o menos correoso y un endocarpo duro. Se trata de una especie que requiere polinización cruzada. Para poder tener un elevado éxito o de la cosecha se deben colocar polinizadores.
Hay veces que se produce una fecundación cruzada común almendro salvaje, que suele tener las almendras amargas, y acaba dando almendras amargas.
Se trata de una especie muy rústica por lo que puede sobrevivir a condiciones extremas. Esto ayuda a que los costes de producción sean más bajos dado que el mantenimiento es casi mínimo. En zonas cálidas puede sobrevivir a temperaturas muy altas sin casi precipitaciones y puede tolerar el frío.
Necesita de un largo período para la maduración del fruto. Esto se traduce en una floración de bastante duración. Comienza el Enero y puede tardar entre 7 y 8 meses para realizar su recolecta. Podemos producir árboles de almendra marcona con tan sólo unas precipitaciones medias de 300 mm pero la rentabilidad se asegura a partir de los 600mm.
Para que la polinización se lleva a cabo en buenas condiciones es necesario tener en cuenta diversos factores climáticos que puedan afectar a las abejas. En cuanto al suelo, prefiere suelos sueltos y arenosos aunque es capaz de crecer junto con vegetación en suelos de textura franca. No sobreviven bien a aquellos suelos que no tengan un buen drenaje por lo que se encharcan cuando las precipitaciones son abundantes en un breve periodo de tiempo. El almendro no resiste la fisión radicular por el agotamiento del agua.
Hay varias plagas como la Armillaria y la Phytophthora que suelen atacar a estos ejemplares.